业务介绍

1. 高通量组学全流程数据分析

• 原始数据质控
  • 自动化质控流程：FastQC、MultiQC 集成；基于机器学习的异常样本检测。
  • 输出详细报告，提供改进建议。
• 序列比对与定量
  • 支持 RNA-seq（Hisat2、STAR）、DNA-seq（BWA、Bowtie2）等主流工具，优化参数并行化调度。
  • C++ 重构版序列比对内核，适用于大规模测序数据。
• 差异表达与功能注释
  • 差异基因筛选：DESeq2、edgeR，结合自研批次效应校正模块。
  • 富集分析：GO、KEGG、Reactome，多数据库交叉比对。
• 单细胞组学与空间转录组
  • 单细胞数据预处理：Cell Ranger、Scanpy、Seurat。
  • 细胞亚群识别与发育轨迹：Monocle、PAGA。
  • 空间转录组整合分析，空间可视化展示。
• 多组学数据整合
  • 采用多视图学习与网络生物学方法：MOFA、DIABLO。
  • 构建基因—蛋白与代谢通路网络，挖掘潜在生物标志物。

2. 平台与软件工程服务

• 分析流程自动化
  • 基于 Nextflow、Snakemake 的可复现管道开发，支持容器化（Docker/Singularity）。
  • 集群调度与云平台部署（AWS、阿里云、华为云）。
• Web 交互与可视化系统
  • 前端：Vue.js、React，提供交互式图表（ECharts、Plotly）。
  • 后端：Python Django/Flask，Node.js + Express。
  • 数据库：MySQL、PostgreSQL、MongoDB，支持大规模时序数据存储。
• 知识库与知识图谱
  • 结构化知识图谱构建：基因—疾病—药物关系网。
  • 自研知识推理引擎，支持自然语言查询。
• C++ 工具重构与加速
  • 对关键算法（序列比对、聚类、网络分析）进行底层优化。
  • 支持 GPU 加速（CUDA）、多线程与 SIMD 指令集。

3. 生物安全与生物情报支持

• 合成生物安全检测
  • 自动化 DNA 序列风险扫描：毒性基因、抗性基因、致病岛检测。
  • 自研生物威胁预测模型，结合文献挖掘与实验验证数据。
• 政策咨询与技术评审
  • 为政府监管部门提供生物安全政策建议与技术可行性报告。
  • 协助合成生物企业进行风险评估与合规审查。
• 应急监测与预警
  • 开发实时监测平台，接入公共数据库与实验数据，自动触发安全预警。
  • 支持全球序列数据库对接与跨区域疫情监测。

4. 学术与培训支持

• 课题设计与项目申报
  • 帮助客户撰写基金申请书，设计合理实验与数据分析方案。
  • 提供样本量计算与统计设计建议。
• 科研论文辅导
  • 结果可视化：高水平图表制作（ggplot2、Plotly）。
• 技术培训与工作坊
  • Python/R 生物信息学实战课程。
  • 深度学习与组学分析专题讲座。
  • 在线直播与线下培训相结合。